石塔寺在石塔路北侧。原在扬州西门外，本晋代遗刹，名蒙因显庆禅院。南朝刘宋元嘉十七年（440年），改为惠昭寺（一作慧昭寺）。唐先天元年（712年）改名安国寺，乾元中（758-760年）始更名“木兰院”，开成三年（838年），得古佛舍利于木兰院，建石塔藏之，易名石塔寺。南宋嘉熙年间（1237-1240年），始移建于扬州城内浮山观之西，其址即今之石塔路北侧、邗江县政府招待所。宝佑中贾似道重修。明崇祯年间（1628年-1644年），僧三昧修寺及塔并建九佛楼。清康熙四十七年（1708年），僧抚生重修，又建大悲阁、石戒坛。雍正七年（1729年），知县陆朝玑复“古木兰院”旧额。咸丰三年（1853年），寺毁于兵火，唯石塔、戒坛与明代楠木楼尚存。同治光绪年间，寺僧又陆续修建，使石塔寺的主要建筑有天王殿、大雄宝殿、藏经楼等。民国以来庙房大部被拆除改建。1979年因拓建道路，唐代石塔圈入路心绿化带，围栏保护。路亦得名石塔路。1987年，将楠木楼从后院南移重建。