上海交通大学医学院地处上海市中心繁华地区，前身是上海第二医科大学。原上海第二医科大学由圣约翰大学医学院(1896-1952)、震旦大学医学院(1911-1952)、同德医学院(1918-1952)于1952年全国高等学校院系调整时合并而成。1997年学校通过了“211工程”正式立项，是国家重点建设的“211工程”大学之一。2005年7月18日，上海交通大学与上海第二医科大学合并，新的上海交大医学院成立，崭新的上海交大医学院由教育部、上海市政府继续重点共建。

       学院现有国家教育部重点学科6个，上海市重点学科11个（其中“重中之重”学科2个），上海市教委重点学科23个，上海市医学领先专业重点学科9个，上海市临床医学中心15个。有国家重点实验室2个，教育部重点实验室2个，卫生部重点实验室5个，上海市重点实验室13个，世界卫生组织（WHO）合作中心3个，上海市级研究所21个；10个学科列入“211工程”重点建设学科。