南京市第二医院是一所集医疗、教学、科研于一体的江苏省唯一的三级传染病医院，也是全省规模最大的肝病专科医院。现为江苏省传染病诊疗技术中心、江苏省传染科医疗质量控制中心、江苏省中西医结合肝病研究中心、东南大学医学院附属医院、南京大学医学院、南京医科大学、南京中医药大学教学医院、东南大学医学院硕士研究生培养点。是江苏省及南京市政府指定的艾滋病、传染性非典型肺炎、人禽流感定点收治医院。现有在职职工703人，医技人员占75%，正高级专家教授23人，副高级专家副教授93人，其中享受国务院特殊津贴专家6人，省“333”工程人才5人，南京市有突出贡献中青年专家和中青年拔尖人才2人，博士4人，硕士23人。核定床位600张。